避孕套除了有很好的避孕作用外，还起到男女生殖器官的部分隔离作用,从而可以防治多种疾病。
1、预防异位妊娠
异位妊娠又称宫外孕。因避孕套能阻止精子进入阴道，所以不会怀孕，也就不会发生宫外孕。对于那些患有输卵管炎、输卵管发育不良或畸形、子宫内膜异位症、子宫发育不良等容易引起宫外孕的妇女，采用避孕套避孕比节育环好。
2、预防子宫颈癌
子宫颈癌是女性最常见的一种恶性肿瘤，发病原因很多，其中与接触丈夫精液中的病毒及皮垢有关。而避孕套可以阻止精液和包皮垢进入阴道，故对子宫颈癌有一定的预防作用。
3、预防性传播疾病
实验证明，乳胶避孕套能够有效地隔离性传播疾病的一些病原体，如单纯疱疹病毒、沙眼衣原体、巨细胞病毒、淋病球菌、梅毒螺旋体和艾滋病病毒等，从而可以预防通过性交传播的一些疾病，如淋病、梅毒、艾滋病等。
4、预防阴道炎、宫颈炎和盆腔炎在男方患有泌尿、生殖器官感染时，通过性交可以将病菌传染给女方，从而引起阴道炎、宫腔炎和盆腔炎。使用避孕套可以阻止男方生殖器上的病菌传染给女方，故有预防这些疾病的作用，反之，女方患有阴道炎时，避孕套也可阻止病菌传染给男方。
5、预防精液过敏症
精液过敏症就是女方接触到男方的精液时产生的一种过敏现象。在每次性交后不久，女方外阴部发痒、水肿，并感到胸闷不适、呼吸急促，有的甚至周身发痒，出现类似荨麻疹样的风团块，一般1-3小时后各种症状逐渐消失。精液过敏症会影响夫妇双方的性生活，往往使女方对性交产生恐怖感。使用避孕套以后，不让妻子接触丈夫的精液，这样就不会发生精液过敏反应。
6、治疗不孕症
有一种自身免疫性不孕症，即女子阴道接触了精子以后，产生一种抗精子抗体，阻止精子受精，从而导致不孕。患有这种不孕症的妇女，如在每次性交时使用避孕套，避免精子和阴道接触，这样就不会产生抗精子抗体，体内已经产生的抗精子抗体的滴度会逐渐下降，一般在连续使用避孕套6-12个月后，这些抗精子抗体就基本消失了。这时可选定一个排卵期不用避孕套性交，可以达到受孕目的，其成功率为40%-60%。
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