脂肪肝的诊断应包括病因、程度及分期三方面，以便于制定有效治疗方案及了解其预后。无症状肝功能酶学异常，最常见的是脂肪肝。临床病理研究发现，仅20%~30%的脂肪肝有一项或一项以上血清酶学指标异常，且无特异性，因而实验室检查并不能确切反映脂肪肝有无；影象检查可初步诊断脂肪肝并判断其程度，因脂肪肝是可逆性病变，因而通过影象学检查亦可监测病情变化。但确诊脂肪肝及其病期需靠肝穿刺活检检。
(1)氨基转移酶：一般仅轻度升高，为正常上限的2~3倍，无慢性肝炎所呈现的短期内明显变动现象，非酒精性(主要指高营养性脂肪肝)门冬氨酸氨基转移酶(AST)/丙氨酸氨基转移酶(ALT)小于1，而酒精性AST/ALT大于2。
(2)γ谷氨酰转肽酶(GGT)和碱性磷酸酶(ALP)：酒精性GGT升高较常见，可达正常上限3~4倍，ALP升高者不到25%，一般升高者为正常上限的1.5倍，GGT/ALP大于1.5。
(3)谷胱甘肽-S-转移酶(GST)：反映氧应激肝损伤，由于分子量小，较ALT更敏感。
(4)谷氨酸脱氢酶(GDH)和鸟氨酸氨甲酰转移酶(OCT)：GDH为线粒体酶，主要在肝腺泡Ⅲ带富有活性，OCT为尿素合成酶，参与转甲基化反应，脂肪肝常见此二酶都升高，特别是酒精性者，其GDH/OCT大于0.6。
(5)胆碱酯酶(CHE)和卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)：80%以上的脂肪肝病人血清CHE和LCAT升高，但不包括低营养状态的酒精性脂肪肝，而其他慢性肝病有CHE升高者不足5%，但肥胖症和(或)糖尿病、高脂血症亦可有血清CHE和LCAT升高。
(6)β球蛋白、铁蛋白、载脂蛋白A1以及胆汁酸常升高，白蛋白、胆红素和凝血酶原时间(PT)一般无变化。
(7)血清纤维化指标在单纯性脂肪肝多正常，脂肪性肝炎及肝硬化则显著升高。
由于引起脂肪肝的病因不同，出现的生化批标异常亦不一致，因而使生化检查的诊断意义受到影响，目前抽血化验实验室检查主要作为脂肪肝诊断时的辅助指标。
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